第一謎三星堆文化來(lái)自何方?目前有與岷江上游新石器文化有關(guān)、與川東鄂西史前文化有關(guān)、與山東龍山文化有關(guān)等看法，即人們認(rèn)為三星堆文化是土著文化與外來(lái)文化彼此融合發(fā)展的產(chǎn)物，是多種文化交互影響的結(jié)果。但究竟來(lái)自何方?無(wú)人能夠講清楚。
第二謎三星堆遺址居民的族屬為何?目前有氐羌說(shuō)、濮人說(shuō)、巴人說(shuō)等不同看法。多數(shù)學(xué)者認(rèn)為岷江上游石棺葬文化與三星堆關(guān)系十分密切，其主體居民可能是來(lái)自川西北及岷江上游的氐羌系。
第三謎三星堆青銅器高超的青銅冶煉技術(shù)及青銅文化是如何產(chǎn)生的?是蜀地獨(dú)自產(chǎn)生發(fā)展起來(lái)的，還是受中原文化、荊楚文化或西亞、東南亞等外來(lái)文化影響的產(chǎn)物?第四謎三星堆古蜀國(guó)的政權(quán)性質(zhì)及宗教形態(tài)如何?三星堆古蜀國(guó)是一個(gè)附屬于中原王朝的部落軍事聯(lián)盟，還是一個(gè)相對(duì)獨(dú)立的已建立起統(tǒng)一王朝的早期國(guó)家?其宗教形態(tài)是自然崇拜、祖先崇拜還是神靈崇拜?或是兼而有之?第五謎三星堆古蜀國(guó)何時(shí)產(chǎn)生，又何以突然消亡?第六謎晚期蜀文化的重大之謎“巴蜀圖語(yǔ)”。三星堆出土的金杖等器物上的符號(hào)是文字?是族徽?是圖畫?還是某種宗教符號(hào)?可以說(shuō)，如果解開(kāi)“巴蜀圖語(yǔ)”之謎，將極大地促進(jìn)三星堆之謎的。
第七謎出土上千件文物的兩個(gè)坑屬何年代及什么性質(zhì)?年代爭(zhēng)論有商代說(shuō)、商末周初說(shuō)、西周說(shuō)、春秋戰(zhàn)國(guó)說(shuō)等，性質(zhì)有祭祀坑、墓葬陪葬坑、器物坑等不同看法。